Usaha pencarian marka DNA yang berhubungan dengan sifat yang diinginkan pada Elaeis oleifera guna introgresi sifat tersebut ke genome Elaeis guineensis memerlukan marka DNA yang polimorfik. Untuk menghasilkan marka DNA yang polimorfik dengan jumlah banyak, identifikasi SNP genom dilakukan melalui pengurutan kembali (resequencing) 12 individu contoh populasi hibrida E. guineensis x E. oleifera (hibrida OxG), yaitu E. oleifera tipe liar, F1 hibrida interspesifik, pseudo-backcross dan material maju E. guineensis, menggunakan next generation sequencing (NGS). Read (urutan basa yang “dibaca”/merupakan keluaran mesin NGS) dari 12 contoh memiliki mutu yang baik dan 96% total read yang disaring dapat dilakukan demultipleks dan ditentukan pada contoh yang sesuai. Setelah proses penyaringan dan pemotongan, 84% read dapat digunakan untuk pemetaan genom dan menghasilkan 5,7X hingga 10,42X cakupan genom. Dari 34.410.224 SNP yang teridentifikasi, 98,7% diantaranya adalah varian non-coding, dan berdasarkan lokasi, 69,1% total SNP adalah SNP intergenic. Sebanyak 5.618 SNP dari total SNP yang dihasilkan dibuktikan menggunakan targeted genotyping by sequencing pada 500 individu contoh. Sebanyak 74% SNP yang digunakan bermutu tinggi yang dibaca pada setidaknya 95% contoh. Principal component analysis menggunakan SNP tersebut mampu mengidentifikasi setiap latar belakang genetik contoh. Pembuktian tersebut menyimpulkan bahwa identifikasi SNP yang dilakukan melalui pengurutan kembali menghasilkan SNP bermutu tinggi yang dapat digunakan untuk pengembangan marka DNA yang dapat diperbantukan pada seleksi populasi pemuliaan E. guineensis x E. oleifera.

Faktor yang mempengaruhi penurunan vigor benih selama penyimpanan adalah suhu dan kelembapan ruang penyimpanan serta kemasan yang digunakan. Penelitian ini bertujuan mendapatkan informasi pengaruh kemasan terhadap kemampuannya dalam mempertahankan kadar air (KA) dan daya hantar listrik (DHL) benih kelapa sawit pada ruang penyimpanan ber-AC. Penelitian dilaksanakan dengan rancangan acak lengkap faktor tunggal yaitu kemasan simpan dengan tiga taraf: plastik polypropylene (PP) satu rangkap (M1), PP dua rangkap (M2), dan plastik vakum (M3). Hasil percobaan memperlihatkan bahwa penyimpanan di ruang AC menyebabkan penurunan KA benih dengan laju yang berbeda antar-taraf dimana terjadi penguapan air dari total air yang ada di dalam benih sebesar 11,47% pada M3, lebih tinggi dibanding M1 (8,13%) dan M2 (6,18%). Meski ketiga taraf memperlihatkan penurunan nilai KA benih, namun kisaran KA pada akhir percobaan (13,8%) masih berada di atas ambang yang diijinkan (10-12%) untuk penyimpanan benih kelapa sawit, sebagaimana nilai DHL pada akhir percobaan (2,69 – 3,04 µS.cm-1.g-1). Untuk penyimpanan jangka pendek selama 104 hari, kedua parameter memperlihatkan korelasi positif dengan nilai koefisien korelasi sebesar 0,77.

Kadar air (KA) benih merupakan salah satu faktor penting yang menentukan tingkat viabilitas selama penyimpanan maupun pengecambahan benih. Oleh karena itu, kemampuan untuk menduga KA benih dengan tepat merupakan kebutuhan dasar bagi produsen kecambah. Bagi benih-benih berukuran besar seperti benih kelapa sawit, International Seed Testing Association (ISTA) mensyaratkan penggunaan oven suhu tinggi dan suhu rendah serta penerapan pemecahan benih untuk penentuan KA yang lebih tepat, sedangkan produsen menggunakan benih utuh untuk proses penentuan parameter tersebut. Hasil percobaan memperlihatkan bahwa benih-benih yang diuji dengan oven suhu rendah konstan memberikan nilai KA yang lebih tinggi dibanding KA yang diperlihatkan oleh metode oven suhu tinggi. Selain itu, benih yang dianalisis secara utuh memberikan nilai KA yang tidak berbeda nyata dengan KA benih yang dianalisis dengan metode pemecahan benih. Berdasar komponen penyusun, inti benih memiliki KA yang secara nyata lebih tinggi dibanding KA pada cangkang, baik menggunakan metode oven suhu rendah ataupun suhu tinggi. Percobaan lebih lanjut dibutuhkan mengingat luasnya keragaman ketebalan cangkang benih kelapa sawit.

The oil palm breeding program for the species Elaeis guineensis and the backcross Elaeis oleifera is running slowly because oil palm is an annual plant. Therefore, it is necessary to have an alternative approach that can accelerate the oil palm breeding program. The SNP (single nucleotide polymorphism) genome-wide approach was then used to study the association between 18 phenotypes of bunch component in oil palm germplasm of E. oleifera from Suriname and Brazil Coari, some interspecific hybrids and some elite progeny of E. guineensis. The genotyping by sequencing (GBS) analysis produced a total of 459 million or approximately 798 thousand reads per sample and 3,252 SNPs were eligible for 456 genotypes. Using various association models, eleven normalized phenotypic data showed significant associations with 29 SNPs. Based on the annotations, 17 SNPs were related to genes wtih certain biological functions. Three SNPs were found to be at the exon of a gene, namely SNP4416, SNP349 and SNP3865, while the other 15 SNPs were at the intragenic to a gene. Four SNPs are common SNPs in phenotypes C16:0 and C18:1 as weel as in C20 0 and C20:1. This research shows the potential of SNPs that can be used as an alternative approach to E. oleifera backcross breeding, although further research is needed for validation purposes.