BackgroundStructural equation models (SEM) are used to model multiple traits and the casual links among them. The number of different causal structures that can be used to fit a SEM is typically very large, even when only a few traits are studied. In recent applications of SEM in quantitative genetics mixed model settings, causal structures were pre-selected based on prior beliefs alone. Alternatively, there are algorithms that search for structures that are compatible with the joint distribution of the data. However, such a search cannot be performed directly on the joint distribution of the phenotypes since causal relationships are possibly masked by genetic covariances. In this context, the application of the Inductive Causation (IC) algorithm to the joint distribution of phenotypes conditional to unobservable genetic effects has been proposed.MethodsHere, we applied this approach to five traits in European quail: birth weight (BW), weight at 35 days of age (W35), age at first egg (AFE), average egg weight from 77 to 110 days of age (AEW), and number of eggs laid in the same period (NE). We have focused the discussion on the challenges and difficulties resulting from applying this method to field data. Statistical decisions regarding partial correlations were based on different Highest Posterior Density (HPD) interval contents and models based on the selected causal structures were compared using the Deviance Information Criterion (DIC). In addition, we used temporal information to perform additional edge orienting, overriding the algorithm output when necessary.ResultsAs a result, the final causal structure consisted of two separated substructures: BW→AEW and W35→AFE→NE, where an arrow represents a direct effect. Comparison between a SEM with the selected structure and a Multiple Trait Animal Model using DIC indicated that the SEM is more plausible.ConclusionsCoupling prior knowledge with the output provided by the IC algorithm allowed further learning regarding phenotypic causal structures when compared to standard mixed effects SEM applications.
RESUMO -Para avaliar a possibilidade de descarte de variáveis de produção em 942 aves de postura por meio de componentes principais, visando eliminar características redundantes e de difícil mensuração, foram utilizados os dados obtidos Principal component analysis in laying hen production traitsABSTRACT -To assess the possibility of discarding production variables in 942 laying hens by principle component analysis to eliminate unnecessary and difficult to measure characteristics, data were obtained from laying hen lines of the genetic breeding program of the Universidade Federal de Viçosa. The traits analyzed were egg production rate (TP) from the 26 th to the 58 th week, individual mean weight at the 34 th (PMI 1 ), 42 th (PMI 2 ), 50 th (PMI 3 ), 58 th (PMI 4 ) and 66 th week (PMI 5 ); egg mean weight at the the 34 th (PMO 1 ), 42 nd (PMO 2 ), 50 th (PMO 3 ), 58 th (PMO 4 ) and 66 th weeks of age (PMO 5 ).Eight of the 11 principal components showed variance lower than 0.7 (eigenvalue lower than 0.7), suggesting 8 variables to discard. The discarded variables were those that showed the highest coefficients, in absolute value, from the last principal component because variables highly correlated with the principal components of smaller variance represent practically insignificant variation. The discarded variables presented significant simple linear correlation with the others, therefore, they were redundant. Based on these results, the following variables are recommended for use in future experiments: TP, PMI 1 , PMO 4 .
RESUMO -Objetivou-se com este trabalho comparar diferentes modelos de regressão aleatória, ajustados por meio de funções polinomiais de Legendre de diferentes ordens, para avaliar o que melhor se ajusta ao estudo genético da curva de crescimento de codornas de corte. Os dados utilizados são provenientes de 26.835 e 27.447 observações, de 3.909 e 4.040 codornas de corte das linhagens UFV-1 e UFV-2. O peso corporal nas duas linhagens foi avaliado aos 1, 7, 14, 21, 28, 35 e 42 dias de idade. Ordens de ajuste das funções contínuas foram gradualmente aumentadas (ordens variando de 3 a 6) para determinação da ordem mínima necessária para descrever as estruturas de covariância em função do tempo nos modelos de regressão aleatória. A função polinomial de Legendre com as ordens 6 para efeito genético aditivo direto e 5 para efeito permanente de animal, para a linhagem UFV-1, e 6 para ambos efeitos aleatórios, para a linhagem UFV-2, deve ser utilizada na avaliação genética da curva de crescimento de codornas de corte em estudo. As herdabilidades estimadas indicam que ganhos genéticos podem ser obtidos como resposta à seleção para peso corporal nas duas linhagens.Palavras-chave: componente de variância, herdabilidade, polinômio de Legendre Random regression models for description of growth curve of meat quailsABSTRACT -The objective of this paper was to compare different random regression models adjusted through Legendre polynomial functions of different orders to evaluate the one best adjusted to the genetic study of the meat quail growth curve. The data used in this study were from 26,835 and 27,447 observations from 3,909 and 4,040 meat quails of the UFV-1 and UFV-2 strain, respectively. The body weight of the two strain was evaluated on 1, 7, 14, 21, 28, 35 and 42 days of age. The orders of adjustment of the continuous functions were gradually increased (orders varying from 3 to 6), to determine the least necessary order to describe structure of covariance in function of time in the random regression models.Legendre polynomial functions of the 6 th order for direct additive genetic effect and 5 th order for permanent effect, for strain UFV-1 and 6 for both random effects for strain UFV-2 should be used in the genetic evaluation of the quail meat growth curve in study. The estimated heritability indicates which genetic traits can be obtained as a response to the physical body weight selection in two strain.
Dados de dois grupos genéticos UFV1 e UFV2 de matrizes de codorna de corte, com 629 animais no primeiro arquivo e 707 no segundo, foram avaliados pela técnica de componentes principais. Foram consideradas as seguintes características para análise: peso da ave (P1, P2, P3 e P4), peso médio do ovo (POM1, POM2, POM3 e POM4), peso médio da casca (PCM1, PCM2, PCM3 e PCM4), peso médio da gema (PGM1, PGM2, PGM3 e PGM4), gravidade específica média do ovo (DM1, DM2, DM3 e DM4), largura média do ovo (LOM1, LOM2, LOM3 e LOM4), comprimento médio do ovo (COM1, COM2, COM3 e COM4), número de ovos (N1, N2, N3 e N4), idade ao primeiro ovo (IDPO) e taxa de postura total (TXT). Após a coleta dos dados, foi realizada uma análise de componentes principais, buscando, com isso, selecionar as características mais explicativas. Logo as características de maior importância na variância total tiveram seus parâmetros genéticos e correlações genéticas estimados. Para o grupo genético UFV1, foram: P1, PCM1, PCM3, PGM1, PGM2, PGM4, DM4, LOM2, LOM3, COM1 e IDPO, já para UFV2: P1, P2, PCM1, PCM4, DM3, LOM2 e LOM4. As altas estimativas de herdabilidade encontradas indicam uma grande variabilidade para as características de qualidade dos ovos. As correlações genéticas mostram a possibilidade de ganhos correlacionados entre peso corporal e as características de qualidade dos ovos. Pequena resposta à seleção para produção de ovos pode ser esperada para estes grupos genéticos.
RESUMO -O experimento foi conduzido como objetivo de estimar a exigência de lisina total para codornas européias (Coturnix coturnix coturnix) machos de 21 a 49 dias de idade. Foram utilizadas 315 codornas (peso vivo médio de 80 g) alimentadas com rações à base de milho, farelo de soja e farelo de glúten de milho. A ração basal, formulada sem suplementação de lisina sintética, continha 20% de PB, 2.900 kcal de energia metabolizável (EM)/kg e 0,9% de lisina total e foi suplementada com 0,125; 0,231; 0,357 e 0,483 de L-lisina-HCl (79%), resultando em rações com 1,0; 1,1; 1,2 e 1,3% de lisina total, respectivamente. Utilizou-se delineamento inteiramente casualizado, com cinco tratamentos, sete repetições e nove aves por resulting in 1.0, 1.1, 1.2, and 1.3% of total lysine, respectively. The trial was analyzed as a completely randomized experimental design with five treatments, seven replicates and nine birds per experimental unit. The following variables were studied: feeding intake, final body weight, body weight gain, feed:gain ratio, productive efficiency index, breast yield and carcass. No significant effect was observed for all the variables. It concluded that the dietary total lysine requirement is of 0.9% for male European quails from 21 to 49 days old, corresponding to a daily intake of 207 mg of lysine.Key Words: total amino acid, Coturnix coturnix coturnix, carcass yield, performance IntroduçãoNa coturnicultura, características como pequena exigên-cia de espaço, baixo consumo de ração, pequeno intervalo de gerações, maturidade sexual precoce, alta taxa de crescimento inicial e precocidade ao abate tornaram a codorna uma ave excelente para diversificação da atividade agropecuária.Os níveis nutricionais na produção avícola são um dos aspectos que merecem destaque, pois 70 a 75% do custo de produção é proveniente da alimentação, sendo que a proteína é responsável por aproximadamente 25% deste custo. Na criação de codornas, os estudos envolvendo nutrição tornam-se ainda mais importantes, pois, além dos custos elevados, na formulação de rações para codornas japonesas (Coturnix coturnix japonica) e européias (Coturnix coturnix coturnix), normalmente são utilizadas tabelas de exigências nutricionais de outros países, como as do NRC (1994) e INRA (1999. Essas exigências não são ideais para obtenção do máximo desenvolvimento e desempenho dessas espécies, principalmente quando consideradas as condições climáticas brasileiras. Além disso, essas tabelas de exigências são antigas e escassas, o que demonstra defa-
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