Introducción: las intervenciones con ejercicio físico y orientación nutricional muestran cambios en el exceso de peso en jóvenes con el síndrome metabólico (SM); sin embargo, sus características y resultados son diversos. Objetivo: evaluar el efecto de una intervención con ejercicio físico y orientación nutricional sobre componentes del SM en jóvenes con exceso de peso. Materiales y métodos: estudio longitudinal con una evaluación antes y otra después, en nueve jóvenes entre 11 y 17 años. Se evaluaron aspectos antropométricos, frecuencia cardíaca en reposo (FCR), consumo pico de oxígeno (VO2pico), insulinemia, resistencia a la insulina (HOMA) y componentes de SM. La intervención consistió en 12 semanas de ejercicio supervisado, tres sesiones/semana de 90 minutos (aeróbico y de fuerza), más dos sesiones no supervisadas; el suministro semanal de frutas y verduras para cubrir las cinco porciones diarias recomendadas y educación nutricional individual y colectiva. Resultados: luego de la intervención disminuyeron la circunferencia de la cintura de 90,5 ± 11,0 a 88,1 ± 9,9 cm; el IMC de 30,2 ± 5,8 a 29,3 ± 5,6 kg/m2; la grasa corporal total de 39,8 ± 13,0 a 34,3 ± 9,0%; la glucemia de 86,0 ± 8,6 a 83,1 ± 5,0 mg/dL; la insulinemia de 23,2 ± 9,8 a 19,4 ± 7,6 µU/mL; el HOMA-IR de 2,89 ± 1,21 a 2,39 ± 0,93; la FCR de 87,9 ± 4,3 a 78,2 ± 5,5 bpm y aumentó el VO2pico de 36,3 ± 5,1 a 38,5 ± 4,1 mL/kg/min; de seis jóvenes con diagnóstico de SM al inicio, cuatro no lo presentaron al final. Conclusiones: participar en un programa de ejercicio y aumentar el consumo de frutas y verduras en los jóvenes con exceso de peso y componentes del SM generó modificaciones positivas en la composición corporal, el VO2pico, la FCR y la glucemia así como en los componentes y prevalencia del SM.