Komunitas ikan karang merupakan bagian yang sangat penting dalam ekosistem terumbu karang, tidak hanya bagi ikan itu sendiri yang menjadikan ekosistem terumbu karang sebagai habitat vitalnya, yaitu sebagai tempat pemijahan (spawning ground), pengasuhan (nursery ground) dan mencari makan (feeding ground). Tujuan dari penelitian ini yaitu Untuk mengetahui keanekaragamanjenis ikan karang di daerah rataan dan tubir pada ekosistem terumbu karang di Legon Boyo Taman Nasional Karimunjawa, Jepara. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah survei yang dilakukan untuk mengetahui gambaran umum tentang ikan karangdi daerah rataan terumbu (reef flat) pada kedalaman 2-5 meter, maupun di daerah lereng terumbu (reef slope) pada kedalaman 6-11 meter, Legon Boyo kawasan Taman Nasional Karimunjawa. Pengambilan sampel dalam penelitian ini ada 3 tahap, yaitu (1) pengambilan data persentase penutupan karang, (2) pengamatan langsung ikan karang dengan metode sensus visual atau Visual Census Technique (VCT) belt transect dalam monitoring/penilaian sumberdaya ikan karang,(3) pengukuran kualitas air secara insitu. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kondisi habitat terumbu karang di Legon Boyo di kategorikan baik karena berada dalam kisaran 50% - 70%.Sebanyak 20 jenis ikan karang dari 10 famili ditemukan di perairan Legon Boyo, Karimunjawa yaitu: Acanthruridae, Apogonidae, Chaetodontidae, Gobidae, Mulidae, Pomacanthidae, Pomacentridae, Serranidae, Scaridae, Siganidae. Struktur komunitasnya termasuk dalam kategori baik dengan nilai H’ berkisar antara 2,183 – 2,425.