Terumbu karang merupakan ekosistem pesisir yang memiliki produktivitas tinggi. Nutrien merupakan salah satu faktor penentu terpeliharanya produktivitas perairan. Adanya asumsi ketersediaan cahaya, keberadaan zooxanthellae dan nutrien menjadi faktor yang penting. Permasalahannya adalah, apakah dukungan ini didapatkan dari ketersediaan nutrien di lingkungan perairan atau di dalam polip karang. Terkait dengan hal tersebut, maka penelitian ini akan mempelajari dukungan nutrien di dalam polip karang dan pengaruhnya terhadap keberadaan zooxanthellae. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui kondisi penutupan karang di daerah pulau Menjangan Kecil, mengetahui total nitrat dan total fosfat, densitas zooxanthellae, hubungan kandungan antara total nitrat dan total fosfat terhadap densitas zooxanthellae di polip karang Acropora sp. di perairan terumbu karang pulau Menjangan kecil, Karimun Jawa. Metode yang digunakan adalah metode deskriptif eksplanatif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa penutupan karang di perairan pulau Menjangan Kecil stasiun I 73,6% kategori baik dan stasiun II 76% kategori sangat baik. Terdapat hubungan antara kandungan nitrat dan fosfat pada polip karang Acropora sp. dengan densitas zooxanthellae. Pada sampel polip di dapat densitas zooxanthellae sebesar : 44 × 106 sel/ml - 78,5 × 106  sel/ml. Pengukuran nitrat pada sampel polip di dapat hasil sebesar: 14,78% - 21,09%. Pengukuran kandungan fosfat, pada sampel polip di dapat hasil sebesar: 23,4% - 28,18%. Nilai koefisien determinasi R2 antara total nitrat dengan densitas zooxanthellae sebesar 0,939 dimana mengandung pengertian pengaruh total nitrat terhadap densitas zooxanthellae adalah 93,9 %. Koefisien determinasi R2 antara total Fosfat dengan densitas zooxanthellae sebesar 0,514 dimana mengandung pengertian pengaruh total fosfat terhadap densitas zooxanthellae adalah 51,4 %. Hal ini mengindikasi semakin tinggi kandungan nitrat dan fosfat maka semakin tinggi pula densitas zooxanthellae di dalam polip karang Acropora sp. dan parameter kualitas air diukur sebagai data pendukung.