Penyakit keriting kuning yang disebabkan oleh infeksi Begomovirus (Geminiviridae) merupakan salah satu penyakit penting pada tanaman cabai di Indonesia. Eksplorasi cendawan endofit dilakukan sebagai langkah awal untuk mencari agens biokontrol yang potensial menekan penyakit keriting kuning cabai. Cendawan endofit diisolasi dari pertanaman cabai di daerah Sleman, Yogyakarta dan isolat selanjutnya diidentifikasi menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR) dan perunutan DNA. Pita DNA berukuran ± 500 pb berhasil diamplifikasi dari 10 isolat cendawan endofit menggunakan pasangan primer ITS1/ITS4, tetapi urutan DNA hanya diperoleh dari 8 isolat. Berdasarkan pada analisis BLASTN diketahui kemiripan masing-masing isolat dengan spesies cendawan pada GenBank, yaitu isolat H1 dengan Pleosporaceae sp. (98%), isolat H5 dengan Cercospora nicotianae (100%), isolat H11 dengan Cercospora piaropi (98%), isolat H16 dengan Guignardia mangiferae (99%), isolat H17 dengan Geomyces pannorum (95%), isolat H18 dengan Diaporthe phaseoloru (99%), isolat K3 dengan Dothideomycete sp. (100%), dan isolat K10 dengan Alternaria longissima (99%).