Fenomena eutrofikasi di perairan Rawa Pening dapat dikatakan telah mencapai tahap akut. Hal ini dapat dilihat dari melimpahnya populasi tanaman Eceng Gondok (Eichhornia crassipes) yang menutupi sebagian kawasan Rawa Pening. Pertumbuhan Eceng Gondok yang tidak terkendali akan mempengaruhi ekosistem danau Rawa Pening.Hal tersebut dapat mengakibatkan terjadinya defisit oksigen (O2) dan terganggunya proses nitrifikasi. Apabila hal ini terjadi secara terus-menerus dapat terjadi potensi bahaya pendangkalan. Proses nitrifikasi sendiri tidak terlepas dari bakteri, proses nitrifikasi merupakan proses yang mengubah ammonia menjadi nitrat dengan bantuan bakteri. Penelitian ini menggunakan metode studi kasus dan metode sampling menggunakan purposive sampling. Lokasi penelitian terdiri dari 2 stasiun yaitu kawasan perairan terbuka dan kawasan tutupan Eceng Gondok. Data yang diukur meliputi total bakteri, bahan organik, NO3, H2S, kedalaman, kecerahan, arus, suhu, pH dan DO. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kandungan bahan organik tergolong tinggi. Hal ini berbanding lurus dengan total bakteri di perairan Rawa Pening yang tinggi. Kandungan NO3 pada perairan iniberkisar antara  0,088 – 0,279  mg/l. Sedangkan kandungan H2S berkisar antara 0,009 – 0,015 mg/l.