No abstract

We studied mutations of HIV resistance to antiretroviral drugs during the period of widely use of antiretroviral therapy and the characteristics of the circulation of virus subtypes in the subjects of the Volga Federal District (VFD) from 2016 to 2018 on the plasma samples of HIV-infected patients. Genotyping of resistance mutations to antiretroviral drugs and statistical analysis were carried out. The most common mutations determining the resistance in the reverse transcriptase gene, the most common and specific mutations were identified. An analysis of the prevalence level of mutations in the virus resistance to different groups of antiretroviral drugs allows us to develop approaches to prevent the further occurrence of resistant strains of HIV and minimize their negative impact on the patient’s body. With the development of the epidemic, there is an increasing diversity in the landscape of HIV-1 subtypes circulating on the territory of the Volga Federal District. Point mutation patterns associated with antiretroviral therapy failure in different subtypes vary.

Появление в последние годы сложных, с точки зрения установления источника инфекции, случаев заражения ВИЧ определяет актуальность и необходимость использования в практике работы специалистов службы профилактики ВИЧ-инфекции/ СПИД современных молекулярно-генетических методов исследования, в том числе генотипирования ВИЧ и филогенетического анализа. Исследование филогенетического родства нуклеотидных последовательностей вируса иммунодефицита человека, выделенных от инфицированных лиц из эпидемического очага, позволяет с достаточно высокой степенью достоверности определить или опровергнуть взаимо связь между предполагаемым источником Пробл. особо опасных инф. Опыт испОльзОвания филОгенетическОгО анализа в эпидемиОлОгическОм расследОвании случая заражения вич-инфекциейЦель. Расследование криминального случая заражения ВИЧ-инфекцией с использованием молекулярногенетического анализа образцов плазмы крови предполагаемого источника инфекции и реципиента для определения вероятности наличия эпидемиологической связи между ними. Материалы и методы. Проведены генотипирование и филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей вариантов ВИЧ-1, выделенных от пациентов исследуемой группы и группы сравнения с помощью современных молекулярно-генетических методов. Построение филогенетического дерева и расчет генетической дистанции проводились путем анализа 36 образцов. Результаты и выводы. Варианты вируса, выделенные в исследуемых образцах, относятся к субтипу А ВИЧ-1. Проведенный филогенетический анализ показал, что нуклеотидные последовательности исследуемых образцов достоверно группируются на филогенетическом дереве, образуя общий кластер, отличный от образцов группы сравнения. Расчет генетической дистанции свидетельствует, что генетическая близость между образцами исследуемой группы выше, чем между образцами исследуемой группы и группы сравнения. С помощью филогенетического анализа было показано, что штаммы, полученные от предполагаемого источника инфекции и реципиента, генетически более близки друг с другом, чем со штаммами из группы сравнения. В связи с этим можно с большой долей уверенности утверждать о вероятности наличия эпидемиологической связи между ними.Ключевые слова: заражение ВИЧ-инфекцией, эпидемиологическое расследование, филогенетический анализ, генетическая дистанция, группа сравнения.

The aim of the study was to assess the possibility and effectiveness of using modern molecular-genetic technologies in determining the source of infection and cause-effect relationships in the epidemic focus of HIV infection.Materials and Methods. Two samples of blood plasma from HIV-positive persons of the tested group and 18 samples from the infected patients of the comparison group have been genotyped. 13 genetically close nucleotide sequences of HIV genome from the GenBank sequence database were also used in our work.ABI Prism 3100 and ABI 3500XL genetic analyzers (Applied Biosystems, USA), ViroSeq HIV-1 genotyping system (Abbott, USA), and AmpliSense HIV-Resist-Seq reagent kit (Central Research Institute of Epidemiology of Rospotrebnadzor, Russia) were used for genotyping. Subtyping is done online using COMET HIV-1/2 and HCV software and REGA HIV-1 Sybtyping Tool program (v. 3.0). Phylogenetic analysis and calculation of genetic distance were carried out using MEGA 5.2 program, Maximum Likelihood Estimation method, and the Kimura model (bootstrap level 1000).Results. All examined viral isolates were found to belong to HIV-1 subtype A (A6). The conducted phylogenetic analysis showed that the samples of the tested group were not collected in a separate cluster, for each of them genetically close samples from the comparison group were found. The distance between the nucleotide sequences of the tested group samples was 0.050; but it varied from 0.007 to 0.058 (average 0.032) between the nucleotide sequences of the 2 samples from the tested group and the samples from the comparison group. The distance equal to 0.007 has been found to be between the nucleotide sequences of sample No.1048 of the tested group and sample No.1051 from the comparison group which indicated a high degree of their genetic proximity, confirming the presence of the epidemiological link between them. Conclusion.The molecular genetic examination did not confirm the genetic relationship between the samples of the tested group. The results obtained were grounds for refusal to make a diagnosis of occupational HIV infection.The application of modern technologies in the monitoring of HIV infection has demonstrated their practical significance and efficacy.