Resumo: A descentralização das políticas de Ciência, Tecnologia e Inovação tem sido uma estratégia adotada pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico para redução das desigualdades regionais nessa área. Visando a redução das desigualdades na área específica de Ciência, Tecnologia e Inovação em saúde, o Ministério da Saúde criou, em 2004, o Programa Pesquisa para o SUS: gestão compartilhada em saúde. Para operacionalizar o Programa, o CNPq firma convênios com as Fundações de Amparo à Pesquisa nos estados. Assim como o PPSUS, há outros programas sob gestão do CNPq em que é utilizado também este mesmo instrumento com as FAPs. A ausência de indicadores de insumo e resultado para acompanhamento e avaliação das ações de fomento descentralizado suscitou a realização deste estudo cujo objetivo foi elaborar indicadores de insumo e resultado para o PPSUS e para outros programas de fomento descentralizado, baseados na técnica Conferência de Consenso, descrevendo o caminho percorrido nessa elaboração. Foi realizada uma pesquisa metodológica, de abordagem quali-quantitativa. A Conferência de Consenso propiciou, como resultado, a obtenção de duas Matrizes: uma contendo indicadores de insumo e resultado para o PPSUS e outra para os demais programas. Concluiu-se que apesar da dificuldade na tentativa de se obter indicadores comuns para as ações operacionalizadas por meio do fomento descentralizado, tendo em vista a diversidade de objetivos e arranjos específicos de cada programa, foi possível propor um rol de indicadores aos gestores do CNPq.
Palavras-chave: Indicadores de Ciência, Tecnologia e Inovação. PPSUS. Conferência de Consenso.