El arroz (Oryza sativa L.) está incluido en la dieta alimenticia diaria del 75% de la población mundial. En Costa Rica, el sector arrocero es un eje fundamental de atención, particularmente porque es el principal producto dentro de la canasta básica alimentaria. Estudiar la variabilidad morfo-agronómica de este cereal es un factor clave para planificar estrategias de mejoramiento genético. El objetivo de la presente investigación fue determinar cuáles son los caracteres morfo-agronómicos que tiene un mayor aporte a la variabilidad genética en 54 líneas de arroz. Las líneas evaluadas provienen de una colección del banco de germoplasma del CIAT de Colombia, estas fueron enviadas a Costa Rica a través de la Corporación Nacional Arrocera (CONARROZ). Se midieron siete variables morfológicas cuantitativas y cinco cualitativas. Para las cuantitativas, se calculó el coeficiente de variación y se realizó un Análisis de Componentes Principales (PCA), así como un Análisis de Agrupamiento. Con las cualitativas se realizó un Análisis de Correspondencia Múltiple (MCA). Las variables cuantitativas más heterogéneas según los valores del coeficiente de variación fueron: toneladas por hectárea, tallos fértiles, y granos llenos por panícula. El PCA demostró que todas las variables, excepto la altura de la planta, aportaron a la varianza total, y el MCA sugiere que las variables cualitativas medidas en esta investigación, son discriminatorias para diferenciar genotipos. No se observó correlación entre las variables cuantitativas estudiadas. En el análisis de agrupamiento se obtuvo cuatro grupos de los cuales, uno de ellos abarcó la mayoría de los genotipos. Los genotipos de este último grupo se caracterizan por poseer altos valores para la variable granos llenos por panícula y valores medios y altos para el resto de las variables. Los resultados obtenidos son útiles para elegir las variables adecuadas para la selección. El análisis de conglomerados permitió establecer la relación filogenética entre las líneas para la planificación de futuros cruzamientos.