Nas últimas décadas, o envolvimento da flora intestinal na regulação de processos mediados pelo sistema nervoso central (SNC) tem despertado grande interesse de neurocientistas (um campo de pesquisa até então exclusivo dos microbiologistas). Nesse interim, estudos vêm revelando como a composição da flora intestinal pode participar da fisiologia normal do indivíduo, assim como a associação entre alterações da composição e diversidade da flora e o desenvolvimento de diversas doenças psiquiátricas. Esta comunicação encéfalo-intestinal tende a ocorrer utilizando diferentes vias, como a comunicação por meio endócrino, imunológico e/ou neuronal. Esta troca de informações é diretamente influenciada pela composição da flora intestinal. Estudos pré-clínicos em animais, onde a flora intestinal é alterada, sugerem que as bactérias intestinais regulam vários genes e neurotransmissores envolvidos na modulação de doenças psiquiátricas, como a ansiedade, depressão e o autismo. Desta forma, o conceito de eixo encéfalo-intestinal sugere que a modulação da flora intestinal pode ser uma importante estratégia para o desenvolvimento de novas formas de prevenção e tratamento de doenças do SNC.