Objetivo: estimar a prevalência da Síndrome de Burnout (SB) e seus fatores associados em graduandos dos cursos de Engenharia de Alimentos e Engenharia Civil de uma universidade pública brasileira. Metodologia: participaram deste estudo 27,4% dos estudantes. Essa pesquisa trata-se de um estudo quantitativo epidemiológico transversal. Foram empregados dois questionários, um específico para conhecer o perfil do aluno e o MBI-SS (Maslach Burnout Inventory/Student Survey). Os dados coletados foram analisados pela estatística descritiva e cálculo de razão de chances (odds ratio) simples e ajustado pelo modelo de regressão logística. No modelo final ajustado foram mantidas as variáveis independentes com associação ao desfecho após ajuste (p≤ 0,05), considerando-se o teste de verossimilhanças. Resultados: a prevalência geral da SB tridimensional evidenciada nesta pesquisa foi 25,5% (IC 95% 19,3 – 32,9). Observou-se uma alta frequência nas dimensões exaustão (81,3%) e descrença (80,0%) e baixa na dimensão eficácia profissional (45,0%). Os fatores associados à SB estavam ligados à insatisfação dos alunos com as estratégias de ensino e aprendizagem (RC = 2,93), com a reprovação em alguma disciplina (RC = 5,50), com o desejo de abandonar o curso (RC = 3,51) e por considerarem o curso ser menos do que esperavam (RC = 2,42). Conclusão: a prevalência da SB nos estudantes de engenharia foi alta e associada ao processo educacional, notadamente, as variáveis insatisfação com as estratégias de ensino e aprendizagem, reprovação, abandono e sensação em relação ao curso.