A pandemia de COVID-19 e as medidas de contingenciamento como o distanciamento social e a suspensão de atividades presenciais de ensino, apesar de imprescindíveis, podem desencadear maior desconforto emocional e aumento do risco de doenças psiquiátricas, em especial, entre os grupos mais vulneráveis. O objetivo desse artigo é discutir os efeitos da pandemia e das medidas de contingenciamento sobre a saúde mental dos estudantes e o papel das instituições de ensino como fator de promoção e proteção de saúde e bem-estar. Para tal, será considerada uma abordagem narrativa, com recortes de pesquisas sobre a saúde mental dos estudantes durante a pandemia e excertos de normativas e diretrizes educacionais sobre as medidas de prevenção e de enfrentamento da COVID-19 às instituições de ensino. Esta revisão evidencia que um número expressivo de estudantes, de diferentes níveis e modalidades de ensino, tiveram que lidar com os efeitos psicológicos causados pela ruptura da rotina pessoal e suspensão do ensino presencial. Os efeitos se revelaram na forma de sentimentos de medo, solidão, angústia, alterações de sono que podem evoluir para sintomas de estresse, ansiedade e depressão. As normativas e diretrizes educacionais, que regulamentam os sistemas educativos no Brasil, evidenciam que a educação deve abranger processos formativos que se desenvolvem na vida familiar, na convivência humana, no trabalho e nas instituições de ensino. Desta forma, concluímos que é papel das instituições de ensino elaborarem planos que contemplem objetivos de aprendizagem que minimizem os impactos psicológicos impostos pela pandemia, contribuindo para a redução das desigualdades educacionais existentes.