Warga sekitar bergantung pada Rawa Pening sebagai mata pencaharian. Potensi perikanan di Rawa Pening cukup besar. Salah satunya adalah kerang Anadonta sp. dan ikan. Populasi Kerang Anodonta sp. di Rawa Pening mengalami penurunan dan kerang Anodonta sp. dapat terinfeksi oleh bakteri patogen. Tujuan penelitian ini adalah untuk menghitung dan membandingkan kelimpahan total bakteri Aeromonas sp. pada kerang Anodonta sp. dan sedimen serta perbedaan kelimpahan total bakteri Aeromonas sp. pada sedimen dan kerang Anodonta sp. di inlet (Sungai Panjang) dan outlet (Sungai Tuntang) Rawa Pening. Metode yang digunakan adalah metode purposive sampling dengan mengambil sampel kerang Anodonta sp. dan dilakukan Total Plate Count (TPC) bakteri Aeromonas sp. di Laboratorium Pengelolaan Sumberdaya Ikan dan Lingkungan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Diponegoro. Hasil TPC bakteri Aeromonas sp. di kerang Anodonta sp. pada inlet berkisar antara 1,75 x 104 hingga 7,79 x 105 CFU/ml, sedangkan pada outlet berkisar antara 1,65 x 104 hingga 3,78 x 105 CFU/ml. Hasil TPC bakteri Aeromonas sp. pada sedimen di inlet dan outlet berurutan adalah 6,80 x 105 dan 7,55 x 104 CFU/ml. Analisis statistik yang digunakan yaitu Anova One Way dengan nilai signifikansi 0,559 >0,005, sehingga tidak terdapat perbedaan yang signifikan antara kelimpahan bakteri Aeromonas sp. pada kerang Anodonta sp. dan sedimen di wilayah inlet dan outlet Rawa Pening.