Perbandingan Metode SYBR Green dan Hydrolysis Probe dalam Analisis DNA Gelatin Sapi dan Gelatin Babi Menggunakan Real Time Polymerase Chain Reaction

Abstract

Gelatin has a large application in the food, pharmaceutical and cosmetics industries. Gelatin is mostly derived from the skin or bone of porcine and bovine. Porcine gelatin is forbidden for Muslim and Jews. For this reason, analytical methods to detect gelatin are needed to make sure the source of gelatin. One of the analytical techniques that can differentiate bovine and porcine gelatin is Real Time Polymerase Chain Reaction (PCR). There are two popular methods of fluorescence dye, namely SYBR green and hydrolysis probe. This study was conducted to compare SYBR green and hydrolysis probe method in analyzing porcine and bovine gelatin DNA using Real Time PCR. The DNA was isolated by commercial kit. The obtained porcine and bovine gelatin DNA were 19.38 ng/μl and 13.63 ng/μl with purity were 1,566 and 1,573, respectively. Then, isolated DNA was analyzed by SYBR green and hydrolysis methods. SYBR green methods was done by annealing temperature of 65 o C for bovine primer and 60 o C for porcine primer. Therefore, hydrolysis probe methods were analyzed by annealing temperature of 60 o C for both porcine primer and bovine primer. The result showed that the hydrolysis probe was higher specificity to identify of porcine and bovine gelatin DNA than SYBR green method. ABSTRAK:Pemanfaatan gelatin secara luas menimbulkan kontroversi dan kekhawatiran bagi masyarakat muslim karena pada umumnya gelatin terbuat dari kulit babi dan sapi. Salah satu teknik analisis yang dapat membedakan gelatin sapi dan gelatin babi adalah Real Time Polymerase Chain Reaction (PCR). Real Time PCR merupakan metode analisis berbasis DNA yang handal, efektif, dan terpecaya. Dalam analisis kualitatif dan kuantitatif, Real Time PCR membutuhkan pewarna fluoresens. Pewarna fluoresens yang umum digunakan adalah SYBR green dan hydrolysis probe. Telah dilakukan perbandingan antara metode SYBR green dan hydrolysis probe dalam analisis DNA gelatin menggunakan Real Time PCR. DNA pada gelatin diisolasi menggunakan kit komersial. Isolat DNA gelatin sapi dan DNA gelatin babi didapatkan sebanyak 19,38 ng/μl dan 13,63 ng/μl dengan kemurnian 1,566 dan 1,573. Isolat DNA yang dianalisis dengan metode SYBR green menggunakan suhu annealing 65 o C untuk primer sapi dan suhu annealing 60 o C untuk primer babi. Isolat DNA yang dianalisis dengan metode hydrolysis probe menggunakan suhu annealing 60 o C untuk primer babi dan primer sapi. Hasil analisis dari kedua metode menunjukkan bahwa metode hydrolysis probe lebih spesifik dalam mengidentifikasi DNA pada gelatin dibandingkan menggunakan metode SYBR green. Keywords PENDAHULUANGelatin adalah polipeptida larut air hasil hidrolisis parsial kolagen dari kulit, tulang dan tulang rawan hewan [1]. Gelatin memiliki sifat yang unik dan berfungsi sebagai zat pembentuk gel, zat pengental, zat pembentuk film, zat pengemulsi, dan zat pensuspensi [2]. Oleh karena itu gelatin digunakan secara luas dalam berbagai sektor industri yaitu industri farmasi, makanan, kosmetik, produk kedokteran dan fotografi. Dalam industri makanan,...

Deteksi Cemaran DNA Babi Dengan RT-PCR Pada Sosis Tanpa Logo Halal MUI Dari Empat Kecamatan di Kabupaten Pandeglang Banten

“…Amanah (2014) Analisis amplifikasi DNA hasil real time pcr berdasarkan nilai cycle threshold pada penelitian ini dilakukan dengan melihat kenaikan kurva dan nilai Ct (cycle threshold) pada kurva amplifikasi. Ct adalah jumlah siklus sampel mulai terbaca yang menunjukkan awal mulainya fase pertumbuhan eksponensial, semakin rendah nilai Ct semakin tinggi jumlah DNA target sebaliknya semakin tinggi nilai Ct semakin rendah jumlah DNA target (Zilhadia et al, 2017).…”

“…Berdasarkan analisis hasil amplifikasi DNA yang dilihat dari nilai Ct memperlihatkan bahwa pada DNA sosis sapi kontrol negatif memiliki nilai Ct yang tinggi artinya konsentrasi DNA yang teramplifikasi hasil running Real Time PCR adalah rendah. MenurutZilhadia et al, (2017) semakin rendah nilai Ct semakin tinggi jumlah DNA target, sebaliknya semakin tinggi nilai Ct semakin rendah jumlah DNA target. Kurva leleh merupakan kurva turunan dari hubungan antara fluoresensi dan suhu (dF/dT).…”

Analisis Cemaran Daging Babi pada Bakso Sapi yang Dijual di Tanjung Priok menggunakan Real-Time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR)

“…Analisis kemurnian DNA diperlukan untuk menjadi persyaratan langkah selanjutnya. DNA dapat dikatakan murni terhadap protein apabila nilai rasio absorbansi isolat pada panjang gelombang 260 nm terhadap absorbansi isolat pada panjang gelombang 280 nm berkisar antara 1,8 sampai 2,0 [10]. Untuk analisis kemurnian isolat DNA, seluruh perlakuan memiliki tingkat kemurnian yang berbeda dan berada pada rentang 1,51-1,97.…”

“…Uji spesifisitas dilakukan untuk mengetahui tingkat spesifisitas primer di mana primer hanya akan mengamplifikasi satu area target saja. Urutan basa primer yang disusun oleh Tanabe, sebelumnya telah digunakan oleh Zilhadia (2017), untuk membandingkan metode sybr green dan hydrolysis probe dalam analisis DNA gelatin sapi dan babi menggunakan real-time PCR [10]. Namun hasil uji spesifisitas tidak dicantumkan sehingga perlu diuji kembali menggunakan fasilitas National Center for Biotechnology Information (NCBI) pada menu Basic Local Alignment Search Tool (BLAST).…”

“…Analisis perbedaan daging sapi dan daging babi beserta turunannya sulit dilakukan karena memiliki sifatsifat fisikokimia yang mirip. Beberapa metode analisis telah dilaporkan diantaranya; ELISA [7], FTIR [8], LCMS [9], dan analisis berbasis DNA dengan real-time PCR [10]. Metode yang cukup populer untuk bahan berbasis daging adalah dengan menggunakan real-time PCR.…”