Ekstrak biji Pepaya (Carica papaya L.) mengandung saponin, alkaloid, flavonoid, dan tannin biasa digunakan sebagai bahan obat tradisional. Ekstrak ethanol biji papaya menunjukkan reaksi penghambatan pada kontraksi jejunum dan secara signifikan bersifat irreversible. Penelitian ini bertujuan untuk menguji pengaruh pemberian ekstrak air biji pepaya terhadap struktur mikroanatomi intestinum mencit (Mus musculus L.). Penelitian ini menggunakan Rancangan Acak Lengkap dengan 4 perlakuan yaitu P0 (akuades), P1 (1,4 mg/0,5 ml), P2 (3,5 mg/0,5 ml) dan P3 (7 mg/0,5 ml). Perlakuan dilakukan secara oral selama 21 hari. Pemberian pakan secara ad libitum. Intestinum tenue diisolasi sepanjang 2 cm dari lambung sepanjang 1 cm kemudian di buat sediaan histologis dengan metode parafin dengan tebal sayatan 5 µm dan pewarnaan Hemaktosilin dan Eosin (H&E). Pengukuran panjang vili dan diameter intestinum tenue dilakukan pada 3 sayatan di setiap 3 sediaan histologis intestinum tenue. Data dianalisis dengan uji Anova, dilanjutkan dengan uji Duncan dengan taraf signifikansi 5%. Hasil analisis menunjukan paparan bahan uji tidak berpengaruh signifikan (p>0,05) terhadap panjang vili, dan bobot badan, tetapi menunjukan perbedaan yang signifikan (p,0.05) pada diameter intestinum. Penelitian ini dapat disimpulkan bahwa pemberian ekstrak air biji pepaya selama 21 hari tidak mempengaruhi struktur intestinum tenue mencit sehingga aman digunakan sebagai bahan obat.