Este artigo descreve o alinhamento morfossintático em matis, língua da família Pano, falada na terra indígena Vale do Javari, região oeste do estado do Amazonas, Brasil. Estudos sobre essa língua têm sido realizados desde o início do século XXI, com análises do alinhamento morfossintático restritas a aspectos morfológicos da oração. Baseado nos resultados desses estudos e na descrição de dados primários da língua matis, o presente trabalho propõe a descrição sistematizada do alinhamento morfossintático, por meio da análise funcional e textual da marcação de caso. A abordagem teórico-metodológica tem como base os princípios da Linguística Tipológica Funcional, com a análise realizada por meio da descrição de dados obtidos em sessões de elicitação e extraídos de narrativas coletadas em trabalho de campo. Os resultados da análise morfológica indicam a relação de categorias nominais entre o alinhamento morfossintático e a ergatividade no sincretismo de casos. Na análise sintática, o sistema funcional do alinhamento morfossintático define a interação gramatical da ergatividade sintática e a concordância de participante. Espera-se que os resultados e conclusões apresentados neste artigo contribuam na compreensão dos sistemas de transitividade da língua matis, como a concordância de participante e o alinhamento morfossintático.