Resumo: O artigo realiza a análise do histórico, da estrutura e do financiamento do Sistema Nacional de Pesquisa Agropecuária (SNPA) brasileiro, enfatizando os valores do Fundo Setorial do Agronegócio (CT-Agronegócio), que é destinado ao fomento das atividades de pesquisa e desenvolvimento (P&D) agrícolas. Analisa-se a evolução do sistema, desde seus primórdios no século XIX até os dias atuais, com a incorporação da inovação e a criação do Sistema de Inovação Agrícola (SIA), que também considera a diversidade de agentes que atuam em redes, com capacidade de interferência no processo de inovação e pesquisa. Para o sucesso do SNPA, verificado com safras recordes de grãos ano após ano, há uma sólida estrutura de financiamento, fundamentado tanto no setor privado como no setor público, em que este último enfatizou a pesquisa básica e aplicada, realizada via Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) e pelos fundos setoriais. Entretanto, como o artigo mostra, a participação dos fundos setoriais ainda é considerada pouco expressiva diante do dinamismo do setor agropecuário, porém é importante para a sinalização de mercado da atuação do governo em P&D do setor agrícola.