Keberagaman yang ada di Indonesia bisa mengakibatkan terjadinya konflik dan kesenjangan sosial, pondok pesantren merupakan lembaga pendidikan yang dapat membina keberagaman. Tujuan dari peneliti untuk mengetahui pembinaan karakter kewarganegaraan multikultural, Penelitian ini menggunakan penelitian kualitatif yang berjenis penelitian deskriptif fenomenologis. Sumber data dalam penelitian ini adalah kepala pondok pesantren, guru PPKn, santri dan pembina pramuka. Teknik pengumpulan data menggunakan wawancara, observasi dan dokumentasi. Teknik keabsahan datanya menggunakan teknik triangulasi. Analisis data menggunakan teknik analisis kualitatif Miles & Huberman dengan tahap: Pengumpulan data, reduksi data, menyajikan data, dan penarikan kesimpulan. Penelitian ini menghasilkan temuan sebagai berikut. Pembinaan karakter kewarganegaraan multikultural dilakukan melalui pembelajaran PPKn di kelas yang dilakukan oleh guru PPKn meliputi penggunaan model pembelajaran, pendekatan dan keteladanan, melalui budaya pesantren berupa tata tertib pesantren dan sekolah, kegiatan rutin, keteladanan, dan program ekstrakurikuler. Melalui ekstrakurikuler pramuka berupa aturan pramuka, kegiatan rutin, dan keteladanan.Kata Kunci: Karakter, Kewarganegaraan, Multikultural