Analysis of Iranian Potato virus S isolates

Abstract

Two hundred forty potato samples with one or more symptoms of leaf mosaic, distortion, mottling and yellowing were collected between 2005 and 2008 from seven Iranian provinces. Forty-four of these samples tested positive with double-antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assays (DAS-ELISA) using a Potato virus S (PVS) polyclonal antibody. Of these 12 isolates of PVS were selected based on the geographical location for biological and molecular characterization. The full coat protein (CP) and 11K genes from 12 PVS isolates were PCR amplified, cloned and sequenced. All 12 PVS isolates showed mosaic symptoms on Nicotiana debneyii and N. tabacum cv. Whiteburly and local lesion on Chenopodium amaranticolor, C. quinoa and C. album. The Iranian isolates share between 93 and 100% pairwise nucleotide identity with other PVS(O) isolates. Based on maximum likelihood phylogenetic analysis coupled with pairwise identity analysis, we propose 15 genotypes for the PVS(O) strain and 3 genotypes for the PVS(A) strain.

Phylogenetic relationships of two Ukrainian tomato isolates of potato virus M and genetic variability analysis of its population

“…Different isolates of potato virus S (PVS), which is closely related to PVM, have been classified into two biologically different strains. Interestingly, it was found that this differentiation is reproducible by phylogenetic analysis of the PVS CP gene (Cox and Jones, 2010;Xu et al, 2010;Salari et al, 2011;Tabasinejad et al, 2014). This finding confirmed that the CP region is a suitable genomic region to study the genetic diversity of carlaviruses.…”

Dynamics of the population structure and genetic variability within Iranian isolates of grapevine fanleaf virus: evidence for polyphyletic origin

“…Based on this threshold, isolates within the GFLV-G clade were divided into 31 genotypes and those of GFLV-Ir were divided into 6 genotypes. Such scoring approaches have been previously used for genotyping of mastreviruses (Muhire et al, 2013), potato virus S (Salari et al, 2011) and potato virus M (Tabasinejad et al, 2014).…”

Detección serológica y caracterización molecular de <i>Potato virus S</i> (PVS, <i>Carlavirus</i<) en cultivos de papa de Colombia

“…Trabajos similares al aquí presentado, que evalúan los niveles de diversidad de PVS con base en secuencias de CP, han encontrado una base genética más estrecha para los aislamientos de PVS caracterizados en diferentes regiones. Así por ejemplo, Salari et al (2011) al evaluar los niveles de diversidad de 12 aislamientos de PVS procedentes de Irán, encontraron que todos los aislamientos correspondían a la raza PVS O y que su diversidad global oscilaba entre 92.5 y 99.1%; mientras que Lambert et al (2012) evaluando la variabilidad genética de aislamientos de PVS obtenidos en cultivos de papa de Tasmania (Australia), encontraron que éstos compartían niveles de identidad superiores al 95%, independientemente de causar infecciones sistémicas (PVS O-CS ) o locales (PVS O ) sobre C. quinoa. Similarmente, Lin et al (2009) evaluaron las secuencias completas de dos aislamientos de PVS de EEUU, y encontraron que éstos compartían una identidad global para todo el genoma de 98% y de 98.6% para el gen de CP.…”

“…Los genes 2, 3 y 4 comprenden el triple bloque de genes (TGB), que participan en el movimiento intra e intercelular del virus, mientras que el gen 5 de ~970nt, codifica para la cápside viral (CP) de 34kDa. Este gen se traslapa con el gen 6 que codifica para una proteína rica en cisteína de unión a ácidos nucleicos (NABP), involucrada en la transmisión por áfidos, silenciamiento de genes del hospedante y en la replicación viral (Matoušek et al 2005, Lin et al 2009, Salari et al 2011.…”

“…El PVS es considerado como uno de los virus que dependen de la papa (Solanum tuberosum) para su supervivencia y diseminación, por lo que es de esperar que su mayor variabilidad se encuentre en la región andina, centro de origen de su hospedante (Salazar 1995). En muchas variedades de papa cultivadas en el mundo, el PVS es asintomático o causa síntomas suaves, por lo que se denomina como un virus latente (Salari et al 2011). Sin embargo, sus niveles de incidencia pueden alcanzar hasta el 100% en un cultivo o región, gracias a su eficiente transmisión mecánica, por tubérculos-semilla y por áfidos (Wardrop et al 1989).…”