Resumo: A proposta deste artigo é apresentar proposta metodológica de investigação do projeto de Pesquisa "A covid-19 em regiões transfronteiriças: consequências e impactos na institucionalidade dos sistemas locais de saúde e proteção social", que se alinha e dá continuidade aos estudos sobre proteção social e saúde em fronteiras internacionais no Mercosul. No cenário atual de crise sanitária e econômica e suas consequências, tem como foco as alterações nos sistemas de saúde e proteção social causadas pela pandemia de covid-19 na região transfronteiriça. Levando em conta os objetivos e as distinções entre os setores a serem estudados: saúde e proteção social (temporalidade, garantias jurídicoadministrativas, reconhecimento público, aparato institucional), as estratégias metodológicas devem favorecer a identificação jurídico-formal do aparato de proteção social e a concretude das propostas de proteção quanto as demandas, serviços, acesso e acessibilidade. Para verificar essa recursividade das políticas sociais e estrutura social vão ser avaliados os indicadores: jurídico-normativas, organizacionais, técnico-operativas e fiscais. A coleta de dados análise pretendida serão obtidos por meio de pesquisa documental e entrevistas em profundidade com os gestores e informantes-chave. O campo empírico da pesquisa privilegiou os seguintes critérios: a tríplice fronteira, (Foz do Iguaçu, Ciudad del Este e Puerto Iguazu); municípios de médio porte, (Jaguarão/Rio Branco), municípios de pequeno porte, (Chuí/Chuy), possuem alta porosidade (o limite internacional é uma avenida). A análise das informações coletadas e sistematizadas será fundamentada inicialmente nas referências teóricas referidas na problematização do projeto de pesquisa e complementadas posteriormente à medida em que se fizerem necessárias para ampliação do estudo. Esperase, entre outras expectativas, que os resultados ampliem o entendimento da região fronteiriça nos seguintes aspectos: conhecimento do contexto fronteiriço entre o Brasil e os demais países do Mercosul a partir do impacto da pandemia atual; explicitação das diferenças de encaminhamentos entre os gestores dos municípios.