Penyakit malaria masih menjadi masalah kesehatan masyarakat di Kota Jayapura. Penyakit ini tersebar pada semua wilayah dengan jumlah kasus yang bervariasi. Peningkatan penularan penyakit malaria dipengaruhi oleh kondisi lokal, termasuk curah hujan, karakteristik habitat dan sebaran habitat larva. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui karakteristik habitat dan pengaruh curah hujan terhadap sebaran habitat positif larva nyamuk Anopheles spp. di Distrik Heram Kota Jayapura. Metode yang digunakan merupakan observasi lapangan dengan pendekatan analisis deskriptif dan statistik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ada 6 jenis habitat perkembangbiakan nyamuk Anopheles spp. di Distrik Heram, yaitu kobakan, kubangan, parit, kolam, kali dan bekas tapak ban. Habitat tersebut ditemukan di Kelurahan Waena dan Yabansai. Luas habitat larva berkisar antar 0.04-28 m2, kedalaman air 5-115 cm, suhu air 26.7-3.7 OC dan pH air 6.7-7.7. Sebaran habitat positif larva signifikan dipengaruhi oleh curah hujan yaitu kubangan (p=0.000; r=0.69), kobakan (p=0.000; r=0.87), parit (p=0,000; r=0.57), bekas tapak ban (p=0.047; r=0.34), kolam (p=0.000, r=0.57) dan kali (p=0.007; r=0.46) dengan koefisien determinan berkisar antara 0.11-0.77. Kesimpulan hasil penelitian menunjukkan bahwa curah hujan mempengaruhi sebaran habitat positif larva nyamuk Anopheles spp. di distrik Heram.