This is a PDF file of an article that has undergone enhancements after acceptance, such as the addition of a cover page and metadata, and formatting for readability, but it is not yet the definitive version of record. This version will undergo additional copyediting, typesetting and review before it is published in its final form, but we are providing this version to give early visibility of the article. Please note that, during the production process, errors may be discovered which could affect the content, and all legal disclaimers that apply to the journal pertain.

Bệnh tiêu chảy có tỷ lệ nhiễm và tử vong cao trong nhóm trẻ dưới 5 tuổi, đặc biệt là ở những nước đang phát triển như Việt Nam. Vi rút rota là một tác nhân quan trọng gây tiêu chảy bên cạnh trên 20 tác nhân vi khuẩn, vi rút và ký sinh trùng khác đã được xác định. Tuy nhiên có tới 20% những ca bệnh không xác định được nguyên nhân. Nghiên cứu này nhằm sử dụng phương pháp giải trình tự gen thế hệ mới (Nextgeneration sequencing - NGS) để phát hiện những tác nhân mới trong những ca bệnh tiêu chảy ở trẻ em. Mẫu phân của trẻ uống vắc xin rota mắc tiêu chảy được thu thập và sàng lọc một số tác nhân phổ biến bằng realtime RT-PCR và ELISA. Đồng thời, 3-4 mẫu của trẻ em Việt Nam và Bỉ được trộn lại để phân tích đa tác nhân bằng NGS. 25 và 15 nhóm tác nhân được phát hiện tương ứng ở mẫu bệnh phẩm của trẻ em Việt Nam và Bỉ. Bên cạnh các tác nhân vi rút quen thuộc họ Picornavirdae, Caliciviridae, phương pháp đã phát hiện một số vi rút không thường xuất hiện như vi rút thuộc họ Parvoviridae, một số thực khuẩn thể (bacteriophage) của V.cholera, Samonella trong các ca tiêu chảy ở cả Việt Nam và Bỉ. Như vậy phương pháp giải trình tự gen thế hệ mới có thể dùng để phát hiện đa tác nhân, bao gồm cả các tác nhântiềm năng.

Vi rút Rota G1P[8] là một trong các kiểu gen phổ biến trên thế giới. Cho đến 2013 chủng G1P[8] có tỷ lệ lưu hành cao nhất trước khi chủng G3 trở nên phổ biến từ 2015 - 2016. Ba vắc xin phòng vi rút Rota cấp phép tại Việt Nam đều là vắc xin sống, giảm độc lực, chứa thành phần G1 và P[8]. Nghiên cứu này nhằm theo dõi sự lưu hành của kiểu gen G1P[8] từ 2016 - 2021 và đánh giá mối liên quan giữa việc tái xuất hiện của kiểu gen này với việc sử dụng vắc xin Rotavin-M1 ở tỉnh Nam Định. Bằng phương pháp RT-PCR với mồi đặc hiệu, chúng tôi phát hiện kiểu gen G1P[8] với tỷ lệ cao 23,2% từ 6/2020 - 5/2021 sau 4 năm hiếm gặp (tỷ lệ phát hiện 0 - 2,4%). Phân tích độ tương đồng trình tự gen VP4 (876bp) và VP7 (1062bp) và cây phát sinh chủng loại cho thấy các chủng phát hiện được ở thời điểm này thuộc GI-dòng II và P[8] - dòng III, khác với chủng vắc xin Rotavin-M1, Rotarix và Rotateq. Các chủng này khác biệt 2 - 3 axit amin với Rotavin-M1 và Rotateq trong vùng gen VP7; khác 2 - 4 axit amin với Rotavin-M1 và Rotarix trong vùng gen VP4. Kết quả cho thấy chủng G1P[8] đang phổ biến ở Nam Định không có nguồn gốc từ vắc xin. Cần tiếp tục theo dõi sự lưu hành của kiểu gen G1P[8] này trong tương lai.

Human papillomavirus (HPV) trong đó 14 týp HPV nguy cơ cao (hr) có liên quan đến hơn 99% ca ung thư cổ tử cung. Để đánh giá các chỉ số kỹ thuật của sinh phẩm chẩn đoán HPV bằng Realtime-PCR cần các bộ mẫu chuẩn phù hợp. Chúng tôi tiến hành nghiên cứu này, nhằm phát triển các bộ mẫu chuẩn HPV để đánh giá độ nhạy lâm sàng và phân tích, độ đặc hiệu và độ chính xác đã được thiết lập từ 14 plasmid tái tổ hợp và các mẫu bệnh phẩm lâm sàng. Đặc tính mẫu chuẩn được đánh giá bằng PCR với cặp mồi PGMY09/ PGMY11 và 2 bộ sinh phẩm thương mại. Chúng tôi đã xây dựng được 4 bộ mẫu panel chuẩn bao gồm: (i) Bộ mẫu xác định độ nhạy lâm sàng với 60 bệnh phẩm dương tính với 14 týp hrHPV, (ii) Bộ mẫu xác định độ nhạy phân tích gồm 14 mẫu plasmid chứa đoạn gen của HPV đã xác định được nồng độ, (iii) Bộ mẫu xác định độ đặc hiệu gồm 103 mẫu lâm sàng âm tính và (iv) Bộ mẫu xác định độ chính xác gồm mẫu thuộc 14 týp với 4 nồng độ khác nhau. Đặc tính của các bộ mẫu chuẩn được kiểm tra bởi 2 phòng thí nghiệm độc lập và cho kết quả đồng nhất. Đây là các bộ mẫu chuẩn hrHPV sử dụng để đánh giá kỹ thuật Realtime-PCR lần đầu tiên được thiết lập và công bố tại Việt Nam.

Rotavirus (RV), Norovirus (NV), Sapovirus (SaV) and Astrovirus (Ast) are the leading causes of gastroenteritis and mortality in children worldwide. RV vaccines help to reduce the burden of diarrhea while the importance of other viruses is increasing. Therefore, we conducted a cross-sectional descriptive study to determine prevalence of these viruses in hospitalized children under 5 years old in Nam Dinh province with approximately 80% of RV vaccine coverage. We randomly selected 579 (25%) among diarrheal samples collected in 4 district hospitals from Dec. 2017 to Nov. 2019. An ELISA kit was employed to detect RV and the multiplex real-time RT-PCR with specific primers to detect NV, SaV and Ast. These viruses were found among 64.3% of hospitalized children, of which NV and RV were present in 28.5% and 21.4%, respectively, while SaV and Ast were detected in 3.3% and 2.6%, respectively. Co-infections accounted for 8.5%, mainly among RV and 3 other viruses. There is a significant difference in RV and NV positive rates between vaccinated and unvaccinated groups (p < 0.001 and p = 0.008, respectively). This study contributed to the understanding of the potential impact of rotavirus vaccine on other diarheal pathogens and emphasize the need for further epidemiological studies when the nationwide RV vaccination in Vietnam is implementing.